תהליך קבלת ההחלטות במערכות של כתבי העת השונים אינו אחיד והוא תלוי מאוד בגודל הצוות שעובד בכתב העת. עם זאת, חשוב ביותר להבין שבכל כתב עת, מי שמקבל את ההחלטה אם לפרסם את המאמר או לדחותו הוא העורך ולא המבקרים-העמיתים.

התהליך באופן כללי מתבצע על פי השלבים הבאים:

השלב הראשון בתהליך הוא שלב טכני. חבר צוות, שלרוב איננו איש מקצוע מדעי/רפואי, עובר על ההגשה ומוודא שהיא עומדת בכל הדרישות הטכניות של כתב העת. כיום, מערכות ההגשה האלקטרוניות מאפשרות לאנשי הצוות האלה לגלות טעויות מהר מאוד. חריגה מהמספר המותר של מילים (בכלל המאמר או בתקציר), של טבלאות או של תמונות, מחסור בפרטי התקשרות של מחברים שותפים, פורמט שגוי של ציטוטים או של הרשימה הביבליוגרפית, כל אלה "קופצים לעין" בעת מעבר שטחי ומהיר על ההגשה ומאפשרים לאיש הצוות להחזיר את המאמר למחבר לתיקון. איש הצוות אחראי גם לוודא שהמאמר עומד בתנאי האתיקה הבסיסיים ביותר כגון הימצאותה של הצהרת ניגודי עניינים של כל המחברים, ופרטים מספיקים של מבקרים מומלצים. החזרת המאמר בשלב זה אינה נחשבת דחייה, והמחבר יכול בקלות יחסית לתקן את השגיאות שנמצאו ולהגיש מחדש.

בשלב השני המאמר עובר לחבר מערכת, שהוא איש מקצוע בתחום של כתב העת. חבר המערכת (associate editor) , עורך זוטר (במערכות גדולות), או עורך בכיר (במערכות קטנות יותר), בודק את המאמר, מחליט אם הוא נופל בתוך תחומי העניין של כתב העת, ומבצע עליו בדיקה ביקורתית-מהותית. כמו בכל ביקורת על עבודה מדעית, לכל עורך ישנם הדגשים החשובים לו. לאחר סבב זה, העורך יכול לדחות את המאמר או להעבירו לסבב של בקרת עמיתים. דחייה בשלב זה היא פעמים רבות דחייה סופית, ורק לעיתים רחוקות מחברים שעבודתם נדחתה בשלב הזה יקבלו את האפשרות לתקן ולהגיש מחדש.

השלב השלישי הוא שלב בקרת העמיתים. כתב העת יישלח את המאמר לביקורת של אנשים בעלי מומחיות בנושא המאמר או בתחומים משיקים. בחירת המבקרים יכולה להיות על בסיס היכרות של העורך איתם או על בסיס המלצת מחברי המאמר. בדרך כלל מאמר יישלח לשניים או שלושה מבקרים שימליצו על "קבלה מיידית", "תיקונים מועטים/קטנים", "תיקונים גדולים/רבים" או "דחייה מיידית". כאשר אין הסכמה בין המבקרים, המאמר לרוב יישלח למבקר נוסף בתקווה שהחלטתו תאפשר הכרעה.

בשלב האחרון – המלצות המבקרים חוזרות אל המערכת והעורך מקבל את ההחלטה הסופית אם לקבל את המאמר (עם או בלי דרישה לשינויים) או לדחותו.

על ההתמודדות עם כל אחת מהתשובות הללו – בפוסט הבא.