MET exon 14 (METex14) skipping הוא סמן ביולוגי בר הפעלה בסרטן ריאות מסוג תאים שאינם קטנים. עם זאת, הווריאנטים של MET מורכבים ומגוונים ביותר, ולא כל הווריאנטים מובילים לדילוג על אקסון 14. עקב כך, הערכת אפקט הדילוג של וריאנטים שאינם ידועים מהווה נושא מרכזי באבחון מולקולרי.
עוד בעניין דומה
במחקר שממצאיו פורסמו בכתב העת 'JCO Precision Oncology' החוקרים אספו באופן רטרוספקטיבי וריאנטים של MET סביב אקסון 14 מ-4,233 חולים עם סרטן ריאות מסוג תאים שאינם קטנים אשר עברו בדיקות ריצוף הדור הבא באמצעות DNA. בנוסף, החוקרים השתמשו בשני סטים של מידע שפורסמו בעבר.
בדיקותיהם של 4,233 החולים העלו 44 וריאנטים ייחודיים, כולל 29 וריאנטים חדשים (65.9%) אשר הופקו מדגימותיהם של 53 חולים. יש לציין כי 31 דגימות (58.5%) נכשלו באימות RNA. באמצעות אימות RNA, נעשה אימות של תשעה וריאנטים מדלגים חדשים, ושל חמישה וריאנטים ללא דילוג. בנוסף, החוקרים השתמשו ב-SpliceAI עם delta score cutoff של 0.315 על מנת לסייע בסיווג הווריאנטים החדשים (רגישות = 98.88% וסגוליות = 100%). לאחר החלה על הווריאנטים המדווחים, החוקרים מצאו שלושה וריאנטים ללא דילוג אשר סווגו בצורה שגויה. לבסוף, החוקרים בנו הליך פרשנות אופטימלי מבוסס ידע לצורך הפרקטיקה הקלינית בהתאם לסוג המוטציה ולמיקומה. כמו כן, נקבעו עוד חמש מוטציות מדלגות מ-13 הווריאנטים הלא ידועים, אשר שיפרו את שיעור קביעת האוכלוסייה ל-0.92%.
לסיכום, החוקרים איתרו וריאנטים מדלגים נוספים של METex14, וכן הצליחו לטייב גישה חדשנית, אשר ניתן ליישמה לצורך פרשנות של וריאנטים נדירים או חדשים של METex14, ללא צורך ב-experimental validation.
מקור:
הירשמו לקבלת עדכונים בנושאים שעלו בכתבה
