וריאנטים

איך ניתן לשפר את האבחון הקליני של ווריאנטים ללא משמעות מובהקת?

החוקרים מצאו כי אנליזה של רנ"א בדם הצליחה לזהות קשר בין ווריאנטים ללא משמעות מובהקת לבין פגמים בשחבור ובכך לשפר את התועלת האבחנתית של בדיקות גנטיות לאבחון מחלות

20.07.2020, 17:20
ריצוף גנטי, דנ"א, מוטציות (צילום: אילוסטרציה)

האבחנה של הפרעות גנטיות נפגעת בגלל מספר גבוה של ווריאנטים ללא משמעות מובהקת (VUSs – variant of uncertain significance) המזוהים בריצוף הדור הבא. חלק ניכר מהווריאנטים הללו עשויים להפריע לתהליך השחבור התקין של רנ"א.

במחקר הנוכחי, החוקרים בדקו את ההשפעות ווריאנטים קליניים על השחבור במסגרת עוקבה גדולה והשוו את הביצועים של כלים ביואינפורמטיים שונים לניבוי שחבור הנמצאים בשימוש במעבדות אבחנתיות.

החוקרים בדקו 257 ווריאנטים (מקודדים ולא מקודדים) בשלוש מעבדות שונות. דגימות הרנ"א מהדם עברו אנליזת RT-PCRי(reverse transcription polymerase chain reaction) מכוונת עם ריצוף סנגר של תוצרי ה-PCR ואלקטרופורזה עם ג'ל אגר. בנוסף, 17 דגימות נבדקו גם בריצוף רנ"א רחב-טרנסקריפטום עם אנליזה מכוונת של שחבור על בסיס הדמיית תרשים (Sashimi plot visualization). ניבוי השחבור הביואינפורמטי נעשה באמצעות שימוש בתוכנות Alamut, HSF 3.1 ו-SpliceAI.

החוקרים מצאו כי 85 ווריאנטים (33%) מתוך אלה שנבדקו היו קשורים לשחבור לא תקין. הפגם הנפוץ ביותר שזוהה היה דילוג על אקסון במעלה הזרם (Upstream)י(39/85 ווריאנטים), שבמרבית המקרים היה קשור לווריאנטים באזור התורם לשחבור. בנוסף, נמצא כי לתוכנה SpliceAI היה את הדיוק הטוב ביותר בניבוי פגמים בשחבור (0.91) והיא עלתה על יתר הכלים הן מבחינת רגישות והן מבחינת ספציפיות.

החוקרים הסיקו כי ניתוח של רנ"א בדם הצליח לזהות פגמים חשובים בשחבור ולהבהיר את ההשפעה התפקודית של כמות גדולה של VUSs. כמו כן, הם מצאו כי הכלים הביואינפורמטיים לניבוי משתפרים, אך עדיין עושים טעויות משמעותיות. החוקרים סברו כי כדאי להשתמש באנליזת רנ"א באופן שגרתי באבחון מחלות גנטיות.

מקור: 

Wai, H.A. et al. (2020) Genetics in Medicine 22.

נושאים קשורים:  וריאנטים,  ריצוף הדור הבא,  ריצוף רנ"א,  מחקרים
תגובות