מחקרים

הערכה כמותית של תכולת תאי מערכת החיסון ברקמות גידול

החוקרים הדגימו שיטה חדשה, המורכבת משבעה סמנים, שיכולה לעזור בהערכה כמותית של תאי מערכת החיסון ברקמות הגידול בצורה מדויקת יותר בהשוואה לבדיקת הסמנים בזרם הדם

פעילות מאקרופאגים, מערכת החיסון (צילום: אילוסטרציה)

ההרכב החיסוני בסביבת הגידול מווסת תהליכים כמו היווצרות כלי דם, פיזור גרורות ותגובה לתרופות או לטיפול אימונותרפי. על מנת להקל על האפיון של המרכיבים החיסוניים בגידולים מתוך מידע טרנסקריפטומי, תוארו מספר חתימות טרנסקריפטום של תאי מערכת החיסון שמורכבות מרשימות של גנים המייצגים נוכחות של אוכלוסיית תאי חיסון מסוימת.

מרבית החתימות הגנטיות הללו הוגדרו באמצעות אנליזה של תאי דם מבודדים. עם זאת, תאי הדם לא משקפים את ההבדלים או את מצב הפעילות של תאים דומים ברקמות, כולל גידולים. כמו כן, סמנים שנובעים מאותם תאי דם לא מועברים בהכרח בצורה טובה לרקמות.

החוקרים יצרו סדרה של חתימות גנטיות הקשורות למערכת החיסון שנובעות ישירות ממידע טרנסקריפטומי מהרקמות באמצעות ימוש בשיטת דקונבולוציה (deconvolution) מבוססת רשת. החוקרים הגדירו סמנים עבור שבעה סוגים של תאים ממערכת החיסון, שנקראו יחד ImSig, והדגימו כיצד ניתן להשתמש בסמנים הללו לצורך הערכה כמותית של תכולת תאי מערכת החיסון בדגימות מגידולים ומרקמות שאינן גידוליות.

החוקרים הדגימו את השימוש ב-ImSig באמצעות ריבוד של מטופלים שאובחנו במלנומה לתתי קבוצות של מובהקות פרוגנוסטית וזיהוי של תאי מערכת החיסון באמצעות ריצוף רנ"א של תא בודד מתוך הגידולים.

מקור: 

Nirmal, A.J. et al. (2018) Cancer Immunology Research 6,11.

 

 

נושאים קשורים:  מחקרים,  הרכב חיסוני,  טרנסקריפטום,  חתימה גנטית,  סמנים,  תאי דם
תגובות