ממצאים גנומיים הינם בעלי חשיבות אבחנתית ופרוגנוסטית באונקולוגיה קלינית.

ביצוע מחקרים מבוססי אוכלוסייה להערכת חשיבות המצאים הגנומים מוגבל לעיתים קרובות הן בשל הסתמכות על ניסויים ממוקדים, והן בשל העלויות הגבוהות לשימוש במאגרי מידע לאומיים ומאגרי מידע מוסדיים שאף מצייגים רק חתך צר של כלל האוכלוסייה. לאור זאת, שילוב של רישומים רפואיים אלקטרוניים כפי שקיימים במאגר המידע של Flatiron ומידע גנומי הנאסף כחלק משגרת הטיפול הקלינית בעת ביצוע פרופיל גנומי לחולי סרטן, יכולים להתגבר על מכשולים אלו.

חברות Foundation Medicine ו-Flatiron זיהו חולים אונקולוגיים ממרפאות קהילה בארה"ב שבוצע עבורם ריצוף גנומי מסוג next generation sequencingי(NGS)י(20,022 חולים מתוך 1,673,125 חולים ברשת Flatiron).

תוך שמירה על סודיות רפואית, החברות יצרו מאגר מידע קליני-גנומי (clinico-genomic database-CGDB) המעודכן באופן רבעוני. כיום ישנם 2,139 מקרי סרטן ריאה של תאים שאינם קטנים (NSCLC) במאגר אשר נבחנו לצורך תיקופו. מאפייני הבסיס של החולים ב-CGDB (גיל חציוני, סטטוס עישון והיסטולוגיה) דומים לנתונים שנמצאו במחקרים קודמים. כמו כן, המאפיינים הגנטיים של גידולי NSCLC ב-CGDB דומים לממצאים ממחקרים קודמים באוכלוסיות גדולות. כמצופה, נוכחות המוטציה המניעה את התפתחות הגידול (driver mutation) כדוגמת EGFR, ALK, ROS1, MET, BRAF, RET או ERBB2 נמצאה כקשורה בגיל צעיר יותר, מין נשי וחולים שאינם מעשנים.

באמצעות שימוש במאגר המידע החוקרים ביצעו עקומות שרידות מסוג Kaplan-Meier שהדגימו קשרים ידועים בין מאפיינים קליניים לגנומיים ב-NSCLC. גיל מבוגר, שלב מחלה מתקדם, רקע של עישון והיסטולוגיה קשקשית נמצאו כקשורים עם שרידות פחות טובה. מוטציות ב-TP53 ו-KRAS גם כן נמצאו כקשורות עם שרידות פחות טובה. הנוכחות של השינויים הגנומיים הניתנים לטיפול נמצאה כקשורה עם שרידות כוללת גבוהה יותר, עם שונות בהתאם לסוג השינוי.

מאגר ה-CGDB מסייע גם בהבנה וניבוי של תגובה לטיפול - אנליזת המאגר הדגימה כי הנוכחות של מוטציות EGFR ניבאה תגובה לטיפול, השימוש בטיפול המומלץ על ידי ה-NCCNי(National Comprehensive Cancer Network) נמצא כקשור בשרידות כוללת טובה יותר ועומס המוטציות (TMB) גבוה יותר ניבא תגובה ממושכת יותר למעכבי PD-1.

מאגר ה-CGDB עודנו בצמיחה ומספר החולים במאגר, לפי סוג מחלה, גדל. ה-CGDB מכסה 38 סוגי סרטן שונים ומתעדכן על בסיס רבעוני.

אנליזה אחרונה של המאגר שהוצגה ב-ESMO 2017 הראתה כי ערך המדד TMB הינו קשור בתגובה לאימונותרפיה. התוצאות הראו שמשך הטיפול החציוני והשרדות החציונית (OS) טובים יותר עבור חולי NSCLC  בעלי TMB גבוה, לעומת חולים עם TMB בינוני ונמוך. בנוסף, הודגם כי סטטוס PD-L1 לבדו אינו קורלטיבי לתגובה לאימונותרפיה וכי סטטוס TMB במיוחד מנבא לתגובה עבור החולים שהינם PD-L1 שליליים. נעשתה  סטרטיפיקציה לחולי PD-L1  שליליים לפי סטטוס TMB, ונמצא ש-TMB  גבוה בקבוצת חולים זו מנבא לשיפור במשך הטיפול ו-overall response rateי(ORR).

המאגר של יותר מ-2,000 מקרים של NSCLC, הכולל מעל 400 חולים שטופלו באימונותרפיה, הדגים כי צביעה ל-PD-L1 ב-real world איננו מספק על מנת לנבא תגובה לאימונותרפיה. לעומת זאת TMB קשור גם במשך טיפול ארוך יותר וגם בהישרדות טובה יותר על אימונותרפיה, כולל אוכלוסיה של חולים השליליים לצביעה ל-PD-L1.

המאגר הינו בעל השלכות יישומיות משמעותיות לפיתוח טיפולים עתידיים לסרטן.

בדיקת ריצוף גנומי של חברת Foundation Medicine מספקת את מדדי ה-TMB וה-MSI שמסייעים בניבוי יעילות התגובה לאימונותרפיה. חברת Foundation Medicine הינה היחידה שקיבלה לאחרונה אישור FDA  לבדיקה גנומית מקיפה לאבחון והתאמת טיפול ממוקד בסרטן.

למידע נוסף: foundationone.co.il

מקור: 

Singal, G. et al.  

Development and validation of a real-world clinico-genomic database

Analyzing biomarkers of cancer immunotherapy (CIT) response using a real-world clinico-genomic database